Место встречи главного героя и его одноклассников Тиаки и Исаму, собравшихся здесь с целью навестить своего больного учителя Юко Такао. За стенами этого подозрительно тихого госпиталя скрывается нечто, что приведёт весь мир к деформации, процесс которого будет именоваться как "Conception" (Зачатие).

Госпиталь, где пребывал главный герой со своими друзьями, был защищён неким силовым барьером. Возможно поэтому находящиеся здесь люди остались живы. Как бы то ни было, но главный герой не находит никого, кроме себя, монстров, духов и слухов о некоем здешнем вожаке - Форнеусе.

Является центром и одним из 23-х специальных районов Токио. Огромный экран, раньше показывающий новости, уже не горит, а улицы кишат различными монстрами. Спустившись по расположенным на улице лестницам можно пройти в торговый центр. Так же с улицы можно обойти дом и подождать фазу Full Moon, после чего откроется дверь к секретному боссу, но это уже ближе к середине игры.

Ginza - крупнейший торговый центр с красивейшим фонтаном посередине. Имеется бар Nyx, обязательный  для продвижения по сюжету игры, а так же все необходимые магазины и обменные пункты. В данном центре так же расположилась "Ассамблея Нихило", группа демонов, созданная Хикавой для служения его идеалам.

Ещё один торговый центр, но тут уже обустроилась организация Мантра, выступающая в противовес созданиям Хикавы. В данном здании можно найти Fiend'a (после прохождения первой Кальпы издания Maniax или любой другой англоязычной версии игры), магазины, а так же дверь, ведущую в саму штаб-квартиру Мантра, где всем заправляет великий и могущественный Гозу-Теннох.

Главная штаб квартира демонической организации Mantra. Представляет из-себя локацию в эдаком средневековом антураже, с факелами, тюрьмами и гладиаторским рингом. На ринге устраиваются поединки между заключенными и самим обществом Мантра. Главный по вышибанию голов здесь Thor, которого ещё никто не побеждал. В основном же армия Мантры - это отпетые отбросы и бандиты, основная философия которых строится на выражении "Сила решает всё". Лидером организации является Gozu-Tennoh, огромных размеров статуя с заключенным в неё духом.

Штаб квартира Ассамблеи Нихило. Является огромной по размерам структурой с главным ядром в качестве поглощающего устройства энергии Магатсучи, необходимой для дальнейшего перевоплощения мира в соответствии с планами их лидера Хикавы.

Местная японская тюрьма. Здесь водятся довольно мерзкие водяные существа - Naga, а предводитель живет в альтернативной реальности, попасть к которому можно лишь только через специальные зеркала.

Станции метро. Всего встретятся три таких станций - одна рядом с Ikebukuro, одна на севере карты от Nihilo Org., и одна рядом со вторым входом в Nihilo. Всё дело не в самих станциях, как в их тёмных подземельях метро. Закупайте как можно больше Light Ball и лекарств, иначе беды не миновать.

Один из Токийских кварталов, в котором расположилось кукольное племя "Манеката". Предводителем является Футоми, мечтающий отстроить  район и отгородится от всего внешнего мира. Неподалеку от района есть здание, где вы сможете сыграть в мини-игру с участием Пиро-Джека и выйграть магатаму Geis.

Ниже квартала Асакуса расположился храм племени Манеката - Мифушинаро. Чистейшая обитель, вход в которую изначально был возможен лишь Футоми и самим Манеката.

Обелиск - огромнейшая структура, появившаяся после событий Conception (Зачатия). Так же является источником чудовищного творения Хикавы - Системы Кошмара, позволяющей  собирать большую порцию энергии Магутсучи для дальнейшего преобразования мира. Это одна из самых больших локациий в игре, размером в 33 этажа.

В игре вы встретите множество больших вращаяющихся камней (они же точки сохранения), посредством которых можно перемещаться по локациям. Так вот, Сеть Амала это и есть та среда, через которую и идет перемещение. Здесь своё пристанище нашел Исаму, а так же Хиджири, который так упорно ее изучает.

Парк отдыха, за стенами которого раньше кипели строительные работы. Сейчас же стройка превратилась в территорию, контролируемой летающими пикси (Pixie, High Pixie и т.д). Локация не из приятных, но вид на огромное здание рисуется неплохой. Локация в один этаж, но  очень огромная и состоящая из множества ловушек.

Храм Амала - огромная локация, состоящая из лабиринтообразных помещений и огромной пирамиды, обладающей очень большим запасом Магутсучи. Исаму просит вас привести механизм в действие для получение доступа к пирамиде, но для этого  надо сначала убить трёх хранителей,  находящихся к Северу, Востоку и Западу от неё.

Некое правительственное здание, состоящее из множества комнат для переговоров и огромного зала заседаний. Данная локация примечательна тем, что всюду имеются зрительные обманки, способных дезориентировать игрока.

Представьте себе локацию Obelisk, только ещ` поверх неё добавили такой же форму глыбу, но куда больших размеров. Несомненно, очень долгая локация, с коварными боссами и не менее коварными врагами. Если зайти с торца здания и спуститься вниз, то за столбом можно будет взять неограниченный предмет, позволяющий восстанавливать МР в бою.